一般来说，对于已经感染了寄生虫病的病畜，或是正在经历着使用免病抑制剂的治疗过程的病畜，防疫注射是属于禁忌的。至于幼仔，在对其进行任何防疫注射之前，要喂给驱蠕虫剂加以预处理。此外，缓和性的（稀释的）防疫注射对于怀孕母畜也要禁忌。因为，除非有相反的证据，人们认为这种药会引起幼胎的畸变。

经常出家门游历的，通过与别的宠物或别的混杂地区的接触，有着罹患传染病的较高危险性。因此，对其给以预防注射始终是更重要的措施。然而，却不可设想家里养的户内宠物，也可能暴露于被传染的威胁之中，其他受感染宠物的污染物，可能由一只鞋的鞋底带进来，就是一例；要牢记的一个要点是，甚至是一只“从不外出”的猫，也会有偶然的机会，当主人外出时离开家，或是要到兽医那里去一趟，或是小动物寄养处，或是为了出去逛一逛，这又是一例；如果宠物没经防疫注射，并且被暴露在混杂地区内，诸如候诊室，小动物寄养处，或是汽车的内部，它就有受传染的高危险性。

防疫注射的需要性难于确定的原因之一，就是某些传染病会有一个无症状阶段，在该阶段已感染宠物可能不会显出任何受感染的临床症状，甚至当兽医对其进行检查时也是这样，但是它却仍能传染与其接触的其他宠物；一只患有诸如鼻炎和衣原体病的宠物可能表现出已被治愈，但实际上可能成为带菌者，并且“背地”里排泄出能传染导致这些疾病的致病原菌。

其他的传染病病情发展缓慢，已受感染的宠物的表现似乎健康状况良好，但在实际上纯粹是由于处在这种病的无症状阶段，如果不采取专门对口的检查实验来鉴别特定的疾病，这只宠物就不能被诊断病情并且还将致病危机带到别的宠物身上。所有这些可能传染病的机会，论证表明了保证给宠物进行防疫注射的好处。

当一只宠物经过了防疫注射，兽医就会在该宠物的防疫注射记录上记录注明类别方法、日期和防疫注射批号，只有兽医才被授有权力填写这种文件。

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